Az Obsidian műhelyében készülő Alpha Protocol első fejlesztői naplójából kiderült pár dolog a játék történetével kapcsolatban.
Játékunk főhőse Michael Thorton CIA-ügynök, aki épp kiképzéséről érkezik az ügynökséghez. A zöldfülű kémet azonnal egy überkomoly bevetésre küldik. A munka elvégzése közben valami balul sül el és a szervezet, illetve a kormány is hajtóvadászatot indít Thorton ellen. Szupertitkos kémünk ráeszmél, hogy valakik kelepcébe csalták és a birtokában lévő dokumentumokkal a zsebében kénytelen egymaga kideríteni, hogy valójában kik is mozgatják a háttérben a szálakat, különben az életben nem mossa tisztára a nevét és a becsületét.
