Az Activision által korábban elhintett kezdei morzsákból már sejteni lehetett, hogy folytatást kap a Prototype, így nem meglepő, hogy hivatalosan is bemutatkozott a folytatás.
Az új részről egyelőre annyi derült ki, hogy New York-ban játszódik majd, azonban Alex Mercer helyett egy új főhőst irányítunk majd, James Heller őrmestert, akit anno maga Mercer fertőzött meg, így Heller bosszúra szomjasan igyekszik revansot venni. Megjelenés valamikor 2012-ben.
